金剛瑜伽母的第一代傳承祖師是世尊金剛法，次傳金剛瑜伽母，次傳那若巴，雖然有很多弟子，包括像西藏的瑪爾巴這樣的弟子，但都沒有將此法傳授給他們，而只是秘密傳給了潘唐瓦（龐亭巴）兄弟二人。後來輾轉傳至吉祥薩迦派，成為薩迦不出寺牆之“金法”。
宗喀巴大師當時曾遍學各派，在薩迦派中學得此法，據說金剛瑜伽母是宗大師的秘密本尊。後來金剛瑜伽母在格魯派內流傳修學，成為格魯派重要本尊之一。近代西藏著名高僧帕繃喀大師曾親見金剛瑜伽母，並得到授記：自大師以下七代弟子，都可以得到金剛瑜伽母的不共加持。
即使行者定力低下，僅僅持誦金剛瑜伽母之真言，虔誠供奉，已能成就息、增、懷、誅四種事業，迅速圓滿心願。輕易淨除業障；增長財富、壽命等；治癒身體上的疾病及心理上的苦惱；不受非人、天魔、邪術加害；具足威權、統理大眾，降服敵人；更可消除一地之天災人禍。
有人以為金剛瑜伽母與金剛亥母不同，又謂前者乃格魯/薩迦專有，後者乃噶舉獨有，此乃大謬。雖然格魯/薩迦的確較常使用瑜伽母之名，噶舉派的確較常使用亥母之名，但兩者實為同一本尊之不同名號。格魯/薩迦/噶舉的文獻中，經常都把金剛瑜伽母與金剛亥母交替使用；三派的長儀軌內，都會唸誦此本尊獨有之《八句讚》，《八句讚》讚文本身就兼有瑜伽母與亥母之名。
修習金剛瑜伽母在《勝樂略續》中所講說的利益十分廣大，根據格西嘉措等大德歸納，可攝為十種主要功德利益： 1、可以迅速得到加持: 行人修習此一法門，即可得到一切諸佛的甚深廣大加持，可以讓修學者得到眼前的世間利益以及究竟的出世間利益，特別是可以得到即身成佛的殊勝成就。 2、是一切密法的精髓: 金剛瑜伽母的耳傳教授，是勝樂、密集以及大威德等一切密法的總集，是所有密法的核心，一切密法的心要教授都攝在金剛瑜伽母的修持之中。 3、觀修相對簡易，便於修持: 金剛瑜伽母的修持教授相對其他本尊來說，十分簡要清楚，易於學人修持。真言咒語只有一個，是億萬空行的總咒，只此一咒，可以函括眾多真言的功德。而大威德、密集、勝樂以及時輪等法，壇城複雜、咒語繁多，不如金剛瑜伽母易於受持。大威德九首三十四臂十六足，勝樂也是四面十二臂，手中都各持不同法器、標幟，初學者很難觀修，而金剛瑜伽母則只是一面二臂，所以，即使是下根劣慧眾生修持本法，也沒有太大的困難和障礙。 4、在末法時期可以得到快速成就: 赤江仁波切等很多大德都說過，固然上根可以即身成佛，然中根者也可以在此世往生空行淨土，甚至下根者也可以在中陰得到金剛瑜伽母的加持，而往生空行淨土。教授中還有一個說法：即使違犯三昧耶戒而墮入地獄者，本尊金剛瑜伽母也會用盡一切方法加持行者，令行者過去世的微弱善根成熟，快速脫離地獄而往生空行淨土。 如果在世的時候，能夠按照傳承要求，不斷念誦金剛瑜伽母的咒語，在臨終的時候就不會忘記，甚至在夢中也會聽到本尊金剛瑜伽母以及眷屬們的呼喚，接引行者往趨空行淨土。因此，如果能清靜守護三昧耶戒，努力修持此法，便會在此生、中陰階段乃至七世內決定往生空行淨土。 5、具備殊勝的身壇城修法: 對於密法不了解的人，即使是外壇城已經很難修持了，何況是極其殊勝的身壇城。但並非所有本尊的修法都具有身壇城的修法，像大威德就沒有身壇城的修法。密集金剛和勝樂金剛雖然有身壇城的修法，但金剛瑜伽母的身壇城修法更為秘密和殊勝。密集金剛的的身壇城是將自身的三十二分轉化為密集三十二尊，勝樂身壇城則更進一步，將自身諸脈轉為六十二尊勝樂。而金剛瑜伽母則是轉化心輪之根脈，所以被稱為最極秘密和殊勝的“心壇城”，密集和勝樂都沒有這個修法，所以這也是金剛瑜伽母被稱為密法核心的一個要點。 6、具備不共不可思議瑜伽的修法: 不共不可思議瑜伽是金剛瑜伽母修法中的一個極其殊勝的修法，是不共其他本尊的，仗此修法，可以令現世的肉身直接往生空行淨土。 7、二次第同時修學: 在密法修持次第中，都是生起次第得到細分成就後，方可修習圓滿次第，才可能得到圓滿次第的證德，這在龍樹的《密集五次第》以及各種大威德等經續中有詳細的說明。但修持金剛瑜伽母者，不但在修習生起次第的同時可以修持圓滿次第，而且可以得到相應的證德，這是其他本尊所不具備的不共殊勝教授。 8、本法與貪欲煩惱熾盛者特別相應: 普通來說，貪欲熾盛的人，修習佛法十分困難，但對修持金剛瑜伽母法而言卻是例外。因為嘿如嘎勝樂和金剛瑜伽母所示現的無量世俗男女化身遍布這個世界，他們可以幫助修持金剛瑜伽母者，轉化其貪欲為“俱生大樂”，從而斷除一切煩惱、所知二障，而快速成佛。這些從印度八十四大成就者傳中可以看而得知。 9、本法與末法時期特別相應: 在末法時期，眾生的根基和福報都極為匱乏，所以想得到其他本尊的加持是很困難的。而修持金剛瑜伽母者卻不同，在越末法後期，加持反而越來越強大，越來越容易與本尊相應。這是因為勝樂壇城是唯一未被收回的壇城，仍然存在於這個世界上，所以現在的眾生與勝樂和金剛瑜伽母都有特別的因緣，因而很容易得到本尊的加持。另外，就普通來說，某一本尊的傳承上師越多，則本尊的加持力也越慢加持在行者身上，但在金剛瑜伽母修法中，則恰恰相反，傳承上師越多，則本尊加持力會越快地加持在行者身上。 10、金剛瑜伽母的咒語極其殊勝: 金剛瑜伽母的咒語被稱為億萬空行總咒，具備眾多不共功德。在《勝樂根本續》中說，即使念誦的人定力低下，但僅僅持誦金剛瑜伽母的咒語就可以獲得種種成就。現在時期，如果持誦的是其他本尊的咒語，則不容易得到這樣的成就，如果對金剛瑜伽母以及咒語具足堅定的信心，即使是僅僅念誦咒語也可以獲得證悟。而且即使是現世中一些世俗的願望，比如求財、消災、增加福報等，僅靠此金剛瑜伽母的咒語也完全可以承辦。在章嘉國師的《空行祕籍》中說得非常詳細。雖然此法如此殊勝，但得法因緣卻不容易。在以前，都是極其秘密傳授的，每次僅僅傳授三個人，後來開許七個人，在拉科仁波切（貢唐大師的上師）的時代開許為每次可以傳授二十一人。在國外，由於很多仁波切的弘揚，修習金剛瑜伽母的人才越來越多。
1.殊勝如法上師儀軌取出 金剛瑜伽母本尊經咒。
2.薩迦尊貴的 札西滇津仁波切賜贈顛都聖物總集甘露寶丸（內含花、紅、白教及印度84大成就者無數舍利聖物製作甘露丸）
3.西藏祖普寺高山19位關房僧眾製作金剛亥母甘露丸。
4.西藏桑耶寺「這利聖地」無數偉大成就者閉關巖洞取出“金剛亥母申都拉大加持聖物”。
5.【前南不丹國家〝桑志達昌〞大佛寺，住持LAM涅殿】尊貴的 烏金顛津仁波切賜贈殊勝金剛瑜伽母佛母加持五色米。
6.印度大護法化身“却卻突西瓦差”聖地大護法寺院密壇法幔。
7.印度大護法化身「卻突西瓦差．屍陀林」護法顯現白檀樹片。
8.不丹上好薰香。
9.蓮師吉祥滿願祈請文。
10.佛像裝臟必需「松青得嘎」經咒。
11.佛像蓮花基底 ，一切護 法、一切財神經咒語。
12.八吉祥咒輪。
13.紅象王財神咒輪。
14.四方四聖獸咒輪。
15.八大財神佛父佛母法相經咒輪。
16.地水火風增益咒輪。
17.如法訂製 佛像裝臟必須七寶石。
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